在深圳市經營企業(yè)注銷是一項相對復雜的事項。企業(yè)注銷是指已經設立的企業(yè)在完成制定業(yè)務、清算債務、清理財產、完成稅務并獲得稅務部門的注銷憑證后，依法解散終止的過程。而在此過程中，企業(yè)需要注意的事項也比較多，其中一個比較重要的問題就是關于增值稅以及稅務處理方法。

首先，需要明確的是，企業(yè)注銷后仍然有可能存在還應當繳納的增值稅。在進行企業(yè)注銷前，企業(yè)應當進行預繳增值稅稅款，通過預繳稅款后需要依法逐步退還。企業(yè)注銷前未完成清繳的增值稅稅款，需要首先結清后方能辦理注銷手續(xù)。如果未繳齊的增值稅稅款難以結清，則需要企業(yè)與稅務機關進行協商處理，擬定增值稅補繳稅款的償還計劃。

在保證繳納完畢增值稅稅款后，企業(yè)還需要進行一些其他的稅務處理方法。首先，企業(yè)應將印章予以收回并將集中資金劃轉至法定代表人賬戶中，并注銷企業(yè)銀行賬戶。其次，企業(yè)還需要進行單位社會保險注銷。如果企業(yè)已經在稅務機關進行了稅務注銷，則企業(yè)可以將稅務機關所出具的稅務注銷證明一同提供給社會保險機構。最后，企業(yè)需要在工商行政管理部門進行企業(yè)注銷，并領取營業(yè)執(zhí)照注銷證明。

企業(yè)注銷涉及的手續(xù)比較繁瑣，需要企業(yè)花費一定的時間和精力。因此，在辦理企業(yè)注銷時，企業(yè)可考慮委托相關的服務機構代理辦理，尤其是如會計師、律師等專業(yè)人士更具有權限和經驗，能夠給企業(yè)提供更加專業(yè)的注銷服務，在企業(yè)注銷過程中免去繁瑣步驟，節(jié)省時間和人力物力。同時，企業(yè)注銷需要的資料和費用也需要提前了解，預留充足的時間和經費是必要的。

總之，深圳市企業(yè)注銷需要考慮到增值稅以及稅務處理方法。為了確保注銷的順利進行，企業(yè)需要第一時間與稅務機關溝通，確保已繳納的增值稅稅款全額退回。同時，企業(yè)還需要注意其他稅務處理事項，如單位社會保險注銷、印章撤銷、銀行賬戶注銷等等，以確保企業(yè)注銷的全面合規(guī)。