當一家深圳公司需要注銷的時候，除了需要辦理營業(yè)執(zhí)照的注銷，還需要解除勞動合同，以保障員工的合法權益。公司應與員工協(xié)商，達成一致解除勞動合同的協(xié)議。以下是具體的操作步驟：

1.組織人員進行協(xié)商。公司需要與員工進行協(xié)商，商定解除勞動合同的方式及具體解除時間。這一步驟需達成一致，以保證公司與員工的共同利益。

2.以書面形式通知員工。公司需以書面方式通知員工，說明解除勞動合同的原因，解除的時間、方式以及員工在解除后的待遇等相關事宜。

3.給予補償。根據(jù)深圳市有關規(guī)定，企業(yè)解除勞動合同須支付各種補償金，包括辭退補償金、年假補償金、未休年假補償金、社會保險費用和公積金等。需要根據(jù)員工的具體情況來進行計算。

4.與員工辦理離職手續(xù)。公司需與員工協(xié)商，買斷員工的剩余年假和工齡工資，并完成員工的離職手續(xù)。相關手續(xù)包括員工檔案材料的整理歸檔、勞動合同的注銷等。

總之，深圳企業(yè)需要正確處理注銷和解除勞動合同的事宜，步驟必須規(guī)范、合規(guī)，否則會給企業(yè)和員工帶來不良影響。企業(yè)應當注明相關事宜的時間、方式、需支付的補償?shù)葐栴}，當員工退回公司相關物品后，完成完整的解除勞動合同的程序。